以1989年正式动工修建的整备新干线中的北陆新干线的高崎－轻井泽间为例，1989年投入建设资金为127亿日元，其中日本铁路公司集团筹集约63亿日元，日本政府出资50亿日元，地方承担了约13亿日元。目前，正在施工的新干线为4线5区间，其建设费为22 000亿日元（以1994年4月价格计算），建设费用的分配以施工顺序决定。
由此可见，日本铁路民营化以后，整备新干线的建设资金来源遵守了1989年初所达成的日本铁路公司及国家和地方按规定比例分担的原则。
2．2 整备新干线采取的新措施
随着日本新干线的建设与开通，为了不断带动和促进地方经济的发展，1996年12月政府与执政党协商，对整备新干线采取了进一步的措施。
建设费用仍然按照国家、地方公共团体及JR公司共同承担的原则，并采取了新的预算方案，在建设费用的承担比例上发生了变化。
国家承担的比例仍然为民营化后1989～1996年的35％的比例；国家承担其中全部的既有新干线的转让收入（724亿日元），再加上有关的公共事业费（340亿日元），这两者费用之和的1／2 （532亿日元）为地方公共团体所承担的费用，约占30％；地方公共团体通过地方的税收收入筹措资金；JR公司则根据受益范围的限度所获得的收入等作为建设资金；1997年，已经施工的4线5区间建设费用分配要符合新的预算方案。
除了JR公司支付的建设费外（以1995年的价格计算），确定了新开工新干线区间的事业规模。到2028年这一段时间内，新干线建设费用的概算约为1．2兆日元。
今后在整备新干线的工程中，根据执政党3党申请，通过以下条件作出决定：由政府和执政党联合成立了研究委员会，对整备区间的收支预算进行预估，根据JR公司租赁费受益范围的限度，预估所需要保证的用地，对与既有线并行的新干线实行经营分离，在取得沿线地方公共团体和JR公司的同意等基本条件的基础上，综合考察工程实施计划认可申请等手续进展情况所需要的条件，确定施工顺序，同样按照施工的顺序分配建设事业费。已施工的4线5区间仍按已确定的施工顺序进行建设。
3 铁路整备基金（或称铁路建设基金）的设立
随着日本国有铁路民营化改革的深入进行，特别是以国土均衡开发为目的的整备新干线中的北陆新干线（高崎－长野）于1989年施工建设以来，盛冈－青森东北新干线延伸线、八代－西鹿儿岛九州新干线建设也从1991年开始陆续展开，铁路建设投资大幅度增加，而且施工周期和还款期长。因此，为了有效地利用日本政府给予铁路建设的财政拨款、无息贷款以及其它各种资助贷款，并且为分割后的日本铁路各公司创造良好的投资经营环境，于1991年10月正式设立了铁路整备基金，取代了原有的新干线保有机构，成立了铁路整备基金的组织机构，其资本金为1亿日元，由政府全额出资。
铁路整备基金机构所涉及的业务包括：向建设新干线的日本铁路建设公团交付有关的建设资金（灵活使用特定财源）；向进行大规模改造的铁路公司进行低息融资（灵活利用特定财源，将资金委托给日本的开发银行）；向进行主要干线及城市铁路建设或大规模改造的公司或帝都交通营团无息贷款；接受国家向新干线建设提供的无息贷款及补助，以此作为资金来源，然后向铁道建设公团交付无息贷款及补助；接受国家向铁路工程提供的补助金，以此作为建设资金来源，向铁路公司交付补助金；接受既有新干线的转让收入，并进行债务偿还等业务。
1997年10月1日，为谋求推进行政改革，提高运输设施的有效整备，铁路整备基金与船舶整备公团合并，形成运输设施整备事业团。该事业团以来自JR公司新干线转让收入和一般会计的各种补助金等作为资本金来源，其资本金共计52亿日元，扎实地推进了运输设施的整备。运输设施整备事业团的主要业务包括：公布建设新干线所需要的资金款；采用无息贷款筹集建设和改造主要新干线铁路、城市铁路所需要的资金；采用补助金用于建设和改造新干线所需要的资金；运输设施整备事业团与海上运输经营者共同修建船舶；向海上运输经营者进行资金贷款，并提供债务担保；进
