（2）可靠性尚有问题 现阶段磁悬浮铁路系统的整体稳定性以及可靠性总体上看还不十分充分。日本在开发Meglev过程中存在的最大难题是超导磁铁的稳定性。运行过程中超导磁铁受到连续不断的震动就会丧失磁力的现象。长时间使用的过程中，会在超导磁铁内部产生热量导致液氦的蒸发。虽然超导磁铁的稳定已有了较大的改进，但并未达到能安全无忧进行营业运行的水平。 英国伯明翰的低速磁悬浮列车，由于故障率高，维修困难，运行8年之后于1996年终止运营，就是一例。
（3）环保问题 高速铁路的噪声与震动问题将成为妨碍其后进一步提高速度的障碍，为了克服这一难题，很多人认为磁悬浮铁路这一新技术是最有效的手段。 但是磁悬浮铁路不能根绝伴随列车运行所产生的噪声与震动，特别是当以时速500km/h的高速运行时，可以预计到列车犹如切割空气一般性时所造成的空气动力学噪声将是非常之大的，一般认为，与轮轨系统带来的噪声不相上下。另外即使通过悬浮来缓和其冲击，也无法避免乘座有大量旅客的、长而大编组列车所造成的、超过在地面线路上行驶的某种程度的震动。 作为磁悬浮铁路所特有的环境问题，还有其强力的磁场对旅客及自然环境所造成的影响。对此也有必要通过长期运行来进行详细的调查。
（4）相对高速铁路的速度优势减弱 1988年5月，德国高速列车ICE的运行最高速度达到了406.9km/h 。1990年法国TGV大西洋线的车辆在试运行时创造了515km/h的令人震惊的速度纪录。因此，实际高速铁路的营业运行不断接近最高时速300km/h的标准。可以预见要将速度提高到时速350km/h左右并不困难。 另一方面，无论是日本还是德国均将磁悬浮铁路的营业运行速度目标设定为500km/h。即使这在技术上是可行的话，经济上的使用速度能否真正达到500km/h,如果今后不进行长期的试运行，尚无法判断。若磁悬浮铁路的营业运行速度为350km/h，那么磁悬浮铁路的速度就不会象所说的那样具有如此大的优势了。尤其是在象东京到大坂这样400km或500km左右的路段内，两者之间并无太大的差异。
（5）经济效益尚属未知数 磁悬浮铁路的建设和经营管理需要多大的费用，在不能完全确定技术标准的现状下，无法有确定的答案。而且，磁悬浮铁路的技术，无论是线路还是车辆都与既有铁路毫无互用性、通用性，因此与既有铁路相比，由于是处于摆脱地面大气压的飞机相匹敌的速度，基本上其消耗能必定会相当大，无论是建设费用还是其经营管理的费用都难免要高出很多。据德国方面的资料，柏林～汉堡磁悬浮线全长292km，评估预测投资98亿马克，1999年重新估算时追加投资30%，造价3356万马克/km×1.3约为轮轨系统的1.6倍以上。
（6）与现有铁路缺少直达互通性，不宜作为干线交通工具 欧洲的高速铁路，无论是新设的高速线还是既有的线路
