（2）“清算单价双挂钩”与“现收抵现支”收入分配阶段（1987-1993）
1986年，铁路实行“大包干”，铁道部与国家的分配关系进一步发生变化。为了适应经济承包责任制的要求，进一步调动各铁路局增收节支的积极性，在铁路内部对运输收入的分配办法再次进行了改革，从1987年1月1日起，实行“清算单价、超产加价、超收提成”的“双挂钩”内部清算办法。各铁路局的清算收入既与完成的换算周转量挂钩，使得运输成本得到合理补偿，并有一定利润，以鼓励超产；又与运输收入进款直接挂钩，以促进增收。
实行“双挂钩”方案，铁路局的清算收入由以下各项组成：
①各铁路局按实际完成的换算周转量和核定的清算单价向铁道部清算的收入。
②各铁路局实际完成的运输收入进款按核定的挂钩率向铁道部清算的收入。
③各铁路局实际完成的装、卸、排车数按核定的单价向铁道部清算的收入。
④各铁路局按规定支付给离休干部的费用向铁道部清算收入。
⑤各铁路局运输收入进款中的其他收入。
实行“清算单价双挂钩”，调动了各企业增运超收的积极性，对搞好铁路“大包干”，起到了积极的推动作用。但是这种办法也有其局限性，比如基于历史成本（如“大包干”以1985年为基数），以成本加成的方式调整“清算单价”，因此各运输企业缺乏降低成本的激励；虽然对整个铁路来讲，“大包干”强化了企业的预算约束，但是对每个局来讲，收支仍然是分开的，企业仍然缺乏独立的预算约束；更重要的是，各个路局之间的接入服务未予清算，从而每个路局都缺乏为其他路局提供接入服务的激励。
1987年，在全路普遍实行“双挂钩”运输收入分配制度的同时，广州局开始实行“现收抵现支”的运输收入分配办法。随后，柳州局、乌鲁木齐局也相继实行这一办法。“现收抵现支”是指各铁路局以运输进款作为运输清算收入，以补偿运输支出[11]，同时将经济承包的内容扩大到承包基建投资。这样，在全路便形成了“双挂钩”与“现收抵现支”两种不同的运输收入分配办法。[Page]
实行“现收抵现支”，调动了各局增加客货收入和控制成本两个方面的积极性。直接从收入中定额上缴，有利于资金的聚集和积累，财务清算也较简便。缺点主要是：由于铁路的网络性，采用这种分配办法使得铁路局的收支与自己的付出不相适应，收入全靠客货发运，对于接卸、通过、排空、中转、机车跨局牵引等主要的接入服务，都因得不到相应的直接收入而缺乏积极性。由于收入与付出脱节，不便于准确地进行盈亏考核。
（3）“管内归己、直通分配”收入分配阶段（1994-1999）
1994年，为适应全民所有制企业转换经营机制、建立现代企业制度和转变政府职能的需要，全路实行了“管内归己、直通清算”收入分配制度。
该方案规定参加清算的运输收入范围是指除去“保价收入”和“铁路建设基金”收入以外，并扣除按单项法核算的收入（包括春运浮动价和加价收入、集装箱使用费收入、大秦线收入、海南收入）之后的运输收入。“管内”收入包括：发到站属于同一路局且运行不经过其他局的客货运输收入、行包收入、邮政收入及全部杂项收入和其他收入：“直通”收入包括：发到站不属于同一路局，或发到站属于同一路局但运行要通过其他局的客货运收入、行包和邮政收入。按照“管直”方案，各铁路局清算收入包括以下3个部分：
①“管内”收入（按实际的发生额计算）；
②“直通”收入（各局按实际完成的客运、货运、行包的直通周转量乘以全路“统一”的分类直通清算单价计算直通收入）；
③不参加“管直”分配的其他应得收入（包括电气化附加费、优质优价列车定额补贴、定额补贴收入、宏观调控奖罚的清算收入、按单项规定分配的春运浮动价和加价收入等）。
1995年，对“管直”方案进行了一些改动，总的来讲，是按照“管直清算、一次到位”的思路设计，采取“管内部分调节，直通不同单价”的办法。考虑到各局间的不平衡性，且管内收入也存在收支不匹配的问题，所以在管内收入中拿出一部分进行全路调节；全路的直通平均单价根据全路的直通收入加上管内收入的调节上缴部分以及全路的直通周转量确定，各局的直通清算单价或者接入定价以不同的清算系数[12]乘以全路的平均直通单价后得出。
1995年实行的“管内部分调节，直通不同单价”办法，其基本特点是以（调解后的）收入为基础
