纵观改革开放以来铁路运输业内部收入分配关系的变迁过程，是一个清算办法越来越细、越来越复杂的发展过程，这个过程的产生是由于铁路运输业迄今为止的改革探索，仍然没有摆脱政企不分的约束，依然是“收支两条线”，因而只能以放权让利为主。铁道部无论是过去实行的“清算单价”、“清算单价双挂钩”，还是现在实行的“管内归己、直通清算”，都没有摆脱“收支两条线”的财务管理模式束缚。铁道部仍然向每个路局既下达运输收入计划，又下达运输清算收入计划、运输总支出计划以及运输盈亏计划。进一步加快铁路运输产业政企分开，打破“收支两条线”的财务管理管理模式，打破运输收入由铁道部“统收、统支、统分”的清算模式，实行运输收入由各局之间相互清算，实现“收支一条线”的体制，为各运输企业创造公平的竞争环境，将是推进改革的必要条件。
二、中国铁路现行体制存在的主要问题及今后的改革设想
1.现行体制存在的主要问题
改革开放20年来，铁路的改革取得了很大成就，为铁路行业的快速发展提供了强大的推动力。但由于铁路企业长期以来受计划经济体制的影响很深，加之自身有一些特殊的行业特点，与电信等其他网络部门相比，改革仍显滞后，特别在体制改革方面尚未取得重大突破，从政企不分的意义上讲，铁路部门是所有基础设施行业中体制改革进行得最慢的领域之一。随着社会主义市场经济体制的逐步建立，铁路现行体制已经越来越难以适应市场经济发展的要求。
（1）铁道部政企合一，在处理与铁路运输企业之间的关系时，产生职能错位
这个问题在铁路经营领域表现得比较突出。铁道部政企合一，既是国务院铁路主管部门，又对国家铁路运输企业实行统一管理，负有国家铁路运输企业经营盈亏的责任，这一方面使得铁道部不能有效地行使行政管理和规制职能，另一方面也使铁路运输企业难以真正做到自主经营，自负盈亏。在国家考虑铁路的经营性时，往往将铁道部作为铁路企业群体的代表，要求其承担起铁路全行业扭亏增盈的责任。
在本质上，铁道部本身是一个巨型企业，全路实行统一核算的财务体制，运输企业实行收支两条线的财务清算制度，铁路局和铁路分局作为铁路运输企业，不能直接从市场取得收入，缺乏经营自主权，因此很难称为真正的法人实体和市场竞争主体。从这个意义上讲，虽然从法律上赋予了铁路局和铁路分局法人地位，但它们都不是真正意义上的企业。
（2）铁路部门的盈利性与公益性之间的矛盾
铁路是国家的基础设施，客观上要求铁路具备基础性和公益性，注重社会效益，但同时作为企业来讲，又必然追求盈利的目标。铁路的公益性与盈利性之间的矛盾是铁路建设面临的一个根本性难题，随着运输市场竞争程度的加剧，这个问题变得更加突出。目前，中国铁路仍然采用交叉补贴的方法，用盈利性运输服务的收入补贴公益性服务，而没有对公益性和经营性项目加以区分，铁路建设基本上由铁路以铁路建设基金（在运价上征收）或贷款为主要资金来源进行建设。这一方面使铁路经营缺乏透明度，企业因而缺乏改善经营绩效的激励；另一方面，也使竞争机制难以引入，产生典型的“撇奶油”现象，影响铁路的长期发展。
公益性铁路建设项目，投资大、投资回收期长、投资资本的沉淀性强，有明显的社会效益性，不能依靠自身的盈利收回投资。比如：最近召开的九届人大三次会议提出要加快经济结构的战略性调整，实施西部地区大开发战略。西部开发，铁路要先行，正在编制的铁路“十五”计划对西部铁路做出了一个总体的建设规划，这些铁路大部分属于公益性铁路，不仅在建设期间需要巨额资金投入，并且在经营的初期将产生大量的政策性亏损，这样的铁路如果仅仅由铁路部门承担投资建设责任和政策性经营亏损的补贴，铁路企业将不堪重负。
（3）现行的“重手规制”政策使铁路企业缺乏改进绩效的激励
中国铁路长期处于政府的高度管制下，突出表现在对运价的直接规制方面。首先，定价权高度集中，中央政府始终将铁路运价作为国家直接管理的价格之一，定价权在国务院价格主管部门，铁道部作为行业主管部门在定价方面的权限仅限于杂费；其次，运价的确定主要是依据成本，没有考虑需求特性，不能反映运输市场的需求关系，从而失去了调节市场供求的功能，不能实现资源的合理配置；最后，现有的规制政策基本上是成本加成，缺乏价格变动的灵活性，企业缺少降低成本的动机。
（4）铁路系统内部没有形成有效的竞争机制，企业缺乏提高内部效率、改善服务质量的积
