在B 区域，铁路运输线路的竞争程度和交易数量、频率都较高，前者使网运合一的区域公司不会处于垄断状态，而后者则要求以网运合一模式降低交易成本。在这种情景下，选择网运合一的区域公司模式是最少有争议的。
在C 区域，竞争程度与交易数量、频率均较低，如果采取网运合一的区域公司模式，一方面将会出现较强的垄断现象，另一方面较小的运量难以使网运合一的区域公司达到规模经济要求。网运分离模式将会促进网上运输的必要竞争，同时跨区域经营、具有规模经济特点的运营公司可将该区域作为其业务的一个组成部分。所以，在这种情景下网运分离模式具有明显优势。
在A 区域，竞争程度较高，但交易数量、频率较低。是否采取网运合一的区域公司模式，将取决于在运量较小的情况下能否使公司盈利，使经营具有可持续性。实际经验中也有网运合一公司的成功例证，如某些线路建设投资和运量都不大，但仍可维持运营的支线线路公司。如果网运合一的区域公司无法长期支持，那就只好采取网运分离模式。
在D 区域，竞争程度较低，交易数量、频率则较高。在这里，交易数量、频率的重要性进一步提高了。如果交易数量、频率足够高，可以支持一个运输公司满足规模经济的要求，同时管制机构能够有效约束可能出现的垄断行为，采取网运合一的区域公司模式不是不可以选择的。反之，如果上述条件得不到满足，采取网运分离模式的理由会更多一些。
四个区域的分析集中表达了这样一个思想：合理的运营模式必须是“因地制宜”的，不存在适合全国的统一模式。以上分析主要是着眼于某个特定的区域而展开的。然而，不论特定区域采取何种运营模式，都有一个在全国范围内互联互通的问题，或者说全国范围的“通路权”问题。这个问题不仅对网运合一的区域性公司而言，对实行网运分离模式也非无的放矢。如果路网基础部分不是全国性的，而是区域性的，那么在区域性网络基础公司之间，也将有“通路权”问题。从经济学的角度说，“通路权”主要涉及的规模经济、范围经济和降低交易成本问题（例如，一个网运合一的区域公司使用另一个同类性质公司的路网基础部分，也是一个“网”与“运”的交易问题）。如果不解决好路网基础的全国性“通路”问题，整个铁路运营模式改革是不可能成功的。
3第三种选择：网运分离+区域公司
在网运分离与垂直一体化区域公司问题上的争论，往往强调两者之间的区别乃至对立。而在实际经验中，两者之间更多地是联系在一起的。美国铁路以垂直一体化的货运公司为主，但美国东部的客运公司（AMTRAK）自身并不拥有线路，与作为线路拥有者的货运公司之间也是“网运分离”的。在日本，客运公司则更多地拥有路网基础，并为货运公司开放“通路权”。在欧洲，各个国家的铁路类似于一个垂直一体化的区域性公司，之所以倡导“网运分离”，实质上是为了解决在整个欧洲的“通路权”问题。澳大利亚的铁路是以州为基础发展起来的，很长时间内互不开放，甚至路轨标准也不统一。联邦政府主要致力于各州之间的开放“通路权”，实际上实行各州之间在网运分离基础上的互通。
在中国铁路运营模式的改革问题上，选择某个单一模式是最简单的，但很可能是不合理和不负责任的。在以上分析基础上，我们认为，中国的铁路运营模式，可以选择一种“网运分离+区域公司”的混合模式。其要点如下：
在图1中B 区域对应的地区，如中国东部人口稠密、铁路客运量大，具有“不同运输工具竞争”性质的地区，具有“平行路径竞争”性质的货运线路（如由中西部向东部的煤炭运输线路）上，组建网运合一的公司。在某些运量特别大的路段，如沪宁线，可以组建一个以上的网运合一公司。在与图1中A 、C 、D 区域对应的地区，除了为数不多的地区或线路可组建网运合一的公司外，其他地区采取网运分离模式。组建国家路网公司，负责经营全国范围内网运分离条件下的路网基础部分。网运分离部分的网上运输业务，可以由网运合一的区域性客运或货运公司承担，也可组建独立的客运和货运公司，但这样的专业运输公司应当符合规模经济的要求，不宜过小。
在存在若干网运合一区域性公司的情况下，保证全国范围内的“通路权”，是新的铁路运营模式最重要的目标之一。国家路网公司为此将承担特殊责任。为了在“通路权”问题上形成长期稳定的激励机制，应当通过法律规定
