商业性与公益性业务分开。在路网基础性质确定的基础上，对公益性路网基础部分，有两种方案可供选择。一是在国家路网公司内部设立公益性路网部门，进行独立核算，不搞交叉补贴。二是设立专门公益性路网公司。对公益性运输业务，原则上不设专门的运输公司，而由商业性运输公司承担，国家设立公益性业务补贴基金。公益性业务在独立核算、明确责任、引入必要激励和约束机制的基础上，由公益性补贴基金进行必要补贴。
吸引新的投资者。不论是网运合一的区域性公司还是国家路网公司（或者其中的子公司）、专业性客货运输公司，都应开放投资，吸引社会上多种渠道的资金投入铁路建设，具备条件的应争取成为上市公司。对外开放投资，引入新的投资者，一方面可以融集铁路建设资金，另一方面将有利于企业产权结构和内部治理结构的改进。
包括了上述要点的运营模式融入了网运分离和网运合一两种模式的优点，结合中国特定的自然和技术状况，使之融合在统一的框架之内。具体地说，这一模式有如下优点：在具有竞争性、运量较大的区域或线路上，组建网运合一的公司，在降低交易成本的同时，将大大提高企业活力；通过建立全国性的路网公司，建立路网公司与网运合一公司之间利益共享的股权结构，以及设立全国铁路调度中心等，在引入竞争的同时将能够有效保证全国范围的“通路权”，实现铁路运输中的规模经济和范围经济，降低在“通路权”问题上的交易费用；该模式具有较强的开放性和包容性，能够依据铁路建设和运营中的情况变化，选择不同的组织和体制架构；该模式中较灵活的组织形态，特别是在业务量大、发展前景广阔的地区或线路组建网运合一的公司，将会大大增强社会投资者的吸引力；该模式中的主要组织实体，与现有的组织实体存在较好的对应性。例如，全国路网公司可在铁道部相关机构的基础上改组而成；东部沿海地区铁路客运量大的地区的铁路局，可以成为未来一体化客运公司的基础，等等。这样，将有利于降低运营模式转换的一次性成本。
体现了以上优点的新运营模式，将会优于单一的网运分离（垂直分割）模式，或单一的区域公司（垂直一体化加水平分割）模式，也会显著优于将路网部分分为两个公司的网运分离方案。
三、改革与重组的步骤
在确定运营模式以后，必须以足够的力量对现有和潜在的客货运市场及流量进行细致、精密的调查和计算，并做出适当的财务评估。考虑到中国铁路状况的高度复杂性和未来发展的不确定性，这将是一项艰巨的工作。在做好此项工作的基础上，铁路的改革和重组可按以下步骤展开。
1第一阶段：铁道部初步改革，组建客运一体化公司
在现有铁道部的基础上，分别组建国家铁路控股公司和国家铁路监管委员会，将铁路发展规划和政策等政府职能转移至相关的政府部门，如国家计委。国家铁路控股公司承接现有铁道部的铁路经营业务，国家铁路监管委员会则专事监管职能。在铁路客运量大且发展潜力可观的地区或线路，考虑到规模经济、范围经济的要求，组建若干个网运一体化的客运公司。考虑到原有的投资来源、国有资产中央和地方两级行使出资人权利的架构以及未来的发展需要，客运公司应形成适当的多元化的股权结构和相应的内部治理结构。初期，国家铁路控股公司持有的股权可能占较大比例，以后可逐步减持至为保证“通路权”而要求的持股比例。公司成立后，应尽快向社会开放投资，吸引新的投资者，促进股权结构的优化，加快现代公司制度的建设和完善。条件具备者应争取上市融资。国家铁路监管委员会要对客运公司的业务活动进行必要监管。一体化客运公司的组建具有试点性质，同时由于中国铁路客运所占比重较高，而客运量大的地区和线路率先组建一体化客运公司，实际上使整个铁路运输量中一个相当大的比例进入了新的运营模式。
2第二阶段：组建网运一体化的货运公司，在其他地区实行网运分离的基础上组建国家路网公司
对货运量大的线路，在兼顾规模经济和范围经济要求的前提下，组建若干个网运一体化的货运公司。货运公司在股权结构、吸引新投资者、建立现代公司制度、接受监管等方面，应遵循与客运公司大体相同的原则。在未建立网运一体化客运和货运公司的区域，实行网运分离模式，路网基础部分进入国家路网公司。在已设立的一体化客运和货运公司延伸经营的基础上，网上运输部分是否需要再设立专业性的客运或货运公司，要依据当时的具体情况而定。在对相关资产进行必要整
