一九九八年，中央政府決定用三年時間，對內地上至中央，下至省、市、縣進行新一輪的政府機構改革，這次政府機構改革是中華人民共和國成立以來規模最大的一次機構改革，其涉及面之廣，人員調整之多，改革力度之大，都是前所未有的。二零零一年底，深圳市政府機構改革基本完成，其中與香港交通運輸、港口、航運行業關係密切的深圳市運輸局及深圳市港務管理局均被撤銷，新設置了深圳市交通局（加掛深圳市港務管理局牌子），明確深圳市公路局是深圳市交通局直屬二級局。至此，深圳市交通局成為深圳市政府主管交通運輸、港口、郵政管理工作的職能部門。
一、深圳市交通局主要職能
（一）貫徹執行國家有關交通運輸、港口、郵政工作的方針、政策和法律、法規；擬定並組織實施全市交通、港口行業的地方性法規、規章和規範性文件，協調郵政行業有關工作。
（二）制定全市交通、港口行業和參與制定全市郵政行業的發展戰略、中長期發展規劃、年度重點基本建設和基礎設施改造計劃並組織實施。
（三）負責全市交通運輸、國際貨代、港口、搬運裝卸、運輸服務業、汽車租賃、營業性客貨運輸站（場）、機動車維修業及綜合性能檢測、機動車駕駛學校和駕駛員培訓方面的行業管理。
（四）統籌研究、擬定全市整體運輸政策，組織、協調研究交通與土地利用規劃、交通與環保、交通與道路網路、交通與道路使用需求之間的關係。
（五）負責交通、港口、郵政基礎設施建設的行業規劃、協調和管理。
（六）主管全市公路工作，管理市公路局。
（七）依據有關規定對全市物流產業進行宏觀管理，指導、協調物流產業中運輸平台的功能研究和相關資訊平台規劃建設工作。
（八）負責全市小汽車定編管理工作。
（九）管理本市港區內岸線、水域的分配使用和轄區內通航水域、岸線的使用；依法審核港口工程項目和港區範圍內配套工程建設專案。
（十）管理全市港口引航工作，對外輪實行強制引航，為國輪提供引航服務；負責引航與港口生產的協調工作。
（十一）編制全市交通專項資金年度計劃並統籌安排使用；會同物價部門研究制訂交通、港口行業的收費專案和收費標準，並監督實施；依照有關規定負責國家有關交通、港口規費和國家代徵稅的徵收及稽查工作。
（十二）負責全市交通運輸應急指揮、交通戰備的組織、協調管理和參與國防交通保障設施規劃建設工作。
（十三）組織、協調深圳地區綜合運輸的銜接和旅遊運輸、重點物資運輸、重大節假日期間的旅客運輸。
（十四）指導、協調全市鐵路、民航管理工作。
（十五）監督和指導交通、港口行業的安全生產工作；指導相關行業協會工作。
（十六）組織制定全市交通、港口行業和協調制定郵政行業的科技政策；指導、監督交通、港口行業技術標準和規範的實施；組織交通、港口行業和參與協調郵政行業的環境保護與重大科技專案的開發和推廣運用。
（十七）負責交通、港口、郵政行業統計工作，收集、發佈國內外交通、港口經濟資訊和資料。
（十八）組織、協調和參與交通、港口系統利用外資工作，開展國際交通經濟技術業務的合作與交流。
（十九）承辦市政府和上級交通部門交辦的事項。
從以上職能可以看出，深圳市交通局已承擔原深圳市運輸局和原深圳市港務管理局的大部分行政管理職能，但劃出了原深圳市運輸局承擔的協調全市電信行業管理職能（該職能劃入深圳市資訊辦公室）。
深圳市交通局成立後召開首次新聞發佈會
二、深圳市交通局機構設置
深圳市交通局機關為決策機構，內設九個處室，即：辦公室、政工人事處（加掛機關黨委辦公室牌子）、財務審計處、法制處、規劃建設處、運輸處、港口處、民航處（加掛物流發展處、深圳市民航管理
