交通运输是国民经济的大动脉。铁路、民航、水运、公路相互联结、相互竞争构成国家交通运输体系，在此平台之上运行的物流业、客流业是国家的基础行业，不仅与人民生活息息相关，也是国家政治、经济、文化发展的前提和标志。保障交通运输业的安全、稳定和健康发展是司法的重要任务，交通运输业的行业特点、交通运输法律法规的部门法特点以及交通运输案件法律适用等特点决定了司法的专门性，加之交通运输业的庞大体系和自成系统特征，使国家有必要在此领域设立专门的司法机关。我国现有的交通运输司法机关有铁路运输法院、检察院和海事法院，两个专门司法机关的改革备加受人瞩目。海事中级法院归所在省之后加强了其司法独立性和公正性，改革效果受人称道，铁路司法机关的改革正在酝酿之中。最高人民检察院将“铁路等专门检察院管理体制改革研究”列入2005年调研课题，最高人民法院也将专门人民法院体制理顺问题列为2005年人民法院改革任务之一。笔者认为，整合铁路、海事司法资源，建立我国交通运输司法体制的时机已经成熟。
一、建立交通运输司法体制的必要性
1、交通运输业的重要性和系统性
“千条万条，运输第一条”（周恩来总理语），这一规律至今仍未过时。为适应社会经济发展，消除交通运输对国民经济的“瓶颈”制约，交通基础设施建设逐年加强，营运里程不断增加。到2003年底，综合运输线路总里程达378.89万公里；铁路营业里程7.3万公里；公路通车里程180.98万公里，其中，高速公路2.97万公里；内河通航里程12.4万公里；民航通航里程174.95万公里。随着经济的发展和人民生活水平的提高，全社会客货运量持续增长。据预测，2010年和2020年我国全社会旅客运输需求总量将达250和400亿人，货物运输需求总量为190和260亿吨。到2020年铁路网线路长度达到10万公里以上，高速铁路或客运专线里程达到1万公里左右，公路通车里程达到300万公里左右,高速公路里程达6-7万公里，内河三级以上航道达1.5万公里左右，民航机场达到300个左右。 交通运输业的系统性日趋明显，专家呼吁建立“大交通体制”，统一交通管理机构，统一法规，统一政策，统一规划，促进交通管理由分散走向集中。
面对重要且庞大的交通运输业，统一的司法保障制度和法律适用标准尚未形成，而问题症结在于司法机关的合理设置和顺畅运行。
2、交通运输领域案件的特殊性
交通运输领域案件具有明显的跨地域特征，正是这一特征使地方司法机关不便行使管辖权，因为他往往超出某一地方司法机关的管辖范围，例如吉林开往宁波旅客列车在济南市管内行驶时发生盗窃案，由吉林、济南、宁波中的哪一个司法机关管辖？如果没有铁路运输司法机关这一问题将难以解决。跨地域性还决定了地方司法机关无法摆脱“地方保护主义”的藩蓠。跨地域性还使打击交通运输领域刑事犯罪难以形成合力，不利于保护交通运输秩序。
交通运输领域的刑事案件种类具有明显特征，可以分为：（1）危害公共安全的犯罪，有破坏交通工具、破坏交通设施、交通肇事及交通运输人员渎职性犯罪。这类犯罪危害极大，往往涉及广大旅客生命健康及巨大财产安全。（2）交通工具上的刑事犯罪，客运交通工具如旅客列车、客机、客轮等是一个流动的社会，盗窃、诈骗、伤害等普通刑事案件时有发生，维护平安的运输秩序是司法机关的重要任务。交通工具上的刑事犯罪还具有团伙性和流窜性，所以，要求司法机关具备“长线作战”能力，强调各地司法机关互相配合，协同作战，活动范围呈“条”状，明显区别于地方司法机关的“块”状特征。
交通运输领域的民事案件种类主要表现为运输合同纠纷及相关民商事案件。（1）案件主体往往是分处异地相隔甚远的双方当事人，对受理案件法院能否公正审理的问题显得尤为突出，管辖权异议经常被提出，由一方当事人所在地方法院审理显然不利于这一问题的解决。（2）案件标的往往涉及地方经济、地方企业利益或者受地方法规约束，由地方法院审理并执行难以突破地方保护主义。近年来，地方法院委托铁路运输法院执行日益增多，效果显著，已成经验，就证明了这一点。
3、交通运输法律适用的专业性
交通运输领域法律适用的专业性首先体现在所适用的法律法规具有专业性。在民商法律方面，除了我国《合同法》分则第十七章“运输合同”、第二十章“仓储合同”外，还有众多的部门法对交通运输法律关系予以规范，属于法律层面的有：《海商法》、《民用航空法》、《铁路法》、《公路法》、《港口法》等；属于行政法规层面的有：《海港管理暂行条例》、《公路管理条例》、《国际海运条例
