组织功能说明如下：行控中心包括控制室(主任控制员、列车控制员、旅客服务控制员、乘务员与车辆运用控制员、电力控制员、设施控制员、时刻表控制员)与行政管理单位(运转标准、维修排程管制)。
控制室各控制员
(1) 主任控制员
该席位系负责控制室人员之督导，并于运转异常时，根据现场运转作业情况发布运转通告、调派控制人员及采取必要因应措施，并协调公司外部相关单位（如：台铁、中央防灾中心、警察消防及救护单位等）协助处理，以减低对系统之冲击，迅速恢复正常运转。
(2) 列车控制员
列车控制员是透过中央行车控制系统，实时监控列车的运转状况及路线状态，并对各车站及各列车提供所需之信息。除此之外，并监控全线的自然环境状况，使列车不受灾害的影响，依照作业标准程序进行运转管制与监控。当事故、灾害等发生造成运输 乘务员及车辆运用控制员 乘务员及车辆运用控制员主要任务系当列车的运转变更时，对列车驾驶及列车长的工作作业内容变更、车辆运用变更及车辆清洁与整备作业变更之安排，此外，当车辆发生故障时，透过列车无线电对给予车上乘务员紧急应变处置之适当指示与建议。混乱情形时，进行适当的调度与安排，以确保列车之正常运作。
(3) 旅客服务控制员
旅客服务控制员负责旅客服务相关业务及问题票务处理，扮演行控中心与车站及列车长间的沟通协调的角色，并利用旅客信息系统传递旅客运输相关信息至车站及列车上。当事故、灾害发生造成列车误点时，则利用广播系统及旅客信息系统进行运转中断信息的传达等作业。
(4) 乘务员及车辆运用控制员
乘务员及车辆运用控制员主要任务系当列车的运转变更时，对列车驾驶及列车长的工作作业内容变更、车辆运用变更及车辆清洁与整备作业变更之安排，此外，当车辆发生故障时，透过列车无线电对给予车上乘务员紧急应变处置之适当指示与建议。
(5) 时刻表控制员
时刻表控制员主要任务系负责当日列车时刻表的维护与管理。当重大异常状况发生时，需立即依正线列车及备用车的状况制作临时性时刻表，以使异常状况对旅客之影响减至最低，并尽速恢复原有之运转时刻表。
(6) 电力控制员
电力控制员乃是经由变电站集中控制装置的控制盘，对列车营运时所需电力25kv的供给状况随时予以监控，同时利用此装备对设在全线的变电站及各种电力设备进行远距离监控与维修作业之管制，并于事故或灾害发生时，进行电力的隔绝、调度与复原的相关指示等。
(7) 设施控制员
设施控制员主要业务乃是透过用设备监控系统将全线之设备状况与环境信息传送至行控中心，对号志、通讯设备、轨道设备、道旁设施与建筑结构的运作状况进行监控，并对该设备的维修作业进行管制与操作。当设备异常时，会将告警讯号显示在监控屏幕上，设施控制员依不同的情形执行适当之作业程序，同时进行异常状况的调查及复原的指示。
