这次站长特别彻底观察EMU1200的里里外外，准备让它「全都露」，其实EMU1200型车上和车下，动力系统并没有做更动，车厢部份则将原来EMU200型三组九辆编组为(EMC-EP-EM-EM-EP-EM-EM-EP-EMC)一个单位，保留前后驾驶室，其它四个驾驶室的空间拆除，挪出来将旅客进出车门改造成空气自动门并且每个车厢都有两个，这样就可以增加旅客上下车的速度，减少在站停留时间造成误点。
除了大部分采用九辆编组之外，另外还剩下三辆的零头另外组合了一个传统的独立三辆编组，如果例假日旅客众多还是可以加挂在九辆编组上面变成十二辆。
车厢外部采用全新的红白相间涂装，一反自强号惯用的色调格式。车厢内部也重新装潢，包括更换座椅绒布，玻璃窗下的墙面则贴上壁毯，中间走道也有地毯，这可以吸收车内噪音，不过清洁和保持是一个大问题。
司机员驾驶室空间加大，风挡与渡板全新设计为开放式
司机员驾驶室空间加大，靠右侧设置了补助司机员座位，可以容纳督考或是学习人员。列车长休息室设置于司机驾驶室后方，增加设有列车对讲机和司机员与随车机务员联系。
座位安排方面，前后有驾驶室的EMC为38座，其它各车为48座，这相当中1号和2号座位，是分别单独安座于中间走道门两侧，腾出更大空间方便进出。
原来EMU200型天花板的高度实在太低令人产生压迫感，这一次改造提高不少。
车厢与车厢之间贯通的风挡与渡板全新设计为开放式，两侧并加装不锈钢扶手，方便旅客车厢与车厢之间游走。
厕所和原来格局差不多，但陶瓷的坐式马桶，洗手台全部更新，并且装置了一个艺术的壁灯。
体贴的配置了一个婴儿哺育室
整个编组中其中有两辆EP车，体贴的配置了一个婴儿哺育室，（车厢编号之后加了一个M作为标示），婴儿哺育室内有一个折迭式的平台，可以让携带小贝比的妈妈方便更换尿布。平台折则起来这是一个宽敞的座椅，提供喂母乳的私密空间。
