日本各种运输方式投资不同于一般的民间建设项目投资，主要以日本政府的财政投资为主，包括日本政府给予的财政预算拨款和政府提供的财政投资贷款（一般通称为财政融资）两种类型。其主要区别：预算拨款可以无偿使用，而财政融资则必须在规定的时间还本付息。从资金来源来看，日本交通建设的财政预算拨款来自两部分：一是国家一般税收收入中用于交通运输建设的部分，但在各种运输方式投资中所占的比重不同；二是与交通运输有关的特定税种收入的部分。一般而言，国家财政预算拨款中来自与交通运输有关的特定税种收入部分，只能用于交通运输建设，并且专款专用；而财政投资贷款则是由日本政府根据基本建设和投资贷款计划进行安排，以政府机关、国有企事业单位等特殊法人作为投资贷款对象。
日本已建新干线的资金来源包括政府的财政拨款和财政贷款、世界银行贷款以及日本国有铁路发行的各种铁路债券。
1．1 东海道新干线
日本东海道新干线（东京—新大阪）全长515．4km，在1959年4月～1974年10月间建设完工，工程建设费用约为3 300亿日元，其建设资金的筹措采用了完全自筹的方式。东海道新干线的建设投资主要包括了三个方面的资金：投资资金，从大藏省资金运用部的资金低息贷款，并由政府担保发行债券，占30％多；铁路自行发行的铁路债券，占50％多；从国际复兴银行（世界银行）低息贷款288亿日元，约占7．6％，分3年支付给日本国有铁路，其贷款得到了日本政府的担保。世界银行提供贷款的条件是：年利率5．75％，包括3年半宽限期，在20年内偿还全部贷款。具体还贷办法为：每半年偿还一次，按照本利均等偿还的原则，从1964年11月15日开始，每年支付27亿日元，到1985年5月15日全部还清，本利合计共偿还455亿日元。
1．2 山阳新干线
山阳新干线（新大阪—博多）的建设资金来源于国家给予的工程补助金及自筹资金。国家从建设费投入使用的第2年起，10年内把高息贷款与低息贷款（利率为3．5％）之间的利息差额作为工程费用补助金，占不到5％的比例；其它为自筹资金，包括从资金运用部贷款、发行政府担保债券以及由政府担保发行的债券占60％多；铁路自行发行的铁道债券占30％左右。
1．3 东北、上越新干线
日本东北、上越新干线是根据“日本公司铁路整备法”，按照国土均衡开发原则进行修建的。东北新干线（东京－盛冈）由国铁施工，工程建设费用约为26 600亿日元。其投资也主要来源于两方面：国家投资包括政府出资，占2％左右，工程费用补助金占6％左右，共计8％左右。自筹资金包括从资金运用部进行贷款、发行政府担保债券，占60％左右；发行铁道债券，占30％左右；在工程后期从民间借入少量的资金。
上越新干线（大宫－新泻）由日本铁道公团施工，工程建设费用约为16 300亿日元，其建设资金除了根据财政投资贷款等融通资金和发行债券外，日本政府还另外提供专用资金，及给予借款的利息补偿。其中政府资金占13％，自筹资金占73％，租赁收入占14％。
2 国铁民营化以后整备新干线资金来源
2．1 整备新干线的资金来源
在1987年日本国有铁路民营化以后，原则上分割后的日本国铁各公司应自主经营，并承担铁路基础设施的全部费用。但是整备新干线是按照国土均衡开发、促进国民经济振兴为目标进行的规划，不仅需要投入大量的建设基金，而且施工周期、投资回收期均比较长，特别是整备新干线与已经建成的新干线明显不同，需要经过人口密度低、工业生产相对不十分集中的地区，因此最初运量一般不大，完全由分割后的日本铁路公司承担或各公司承担其全部费用或大部分费用，不仅难以筹集到足够的建设资金，而且也将不利于日本铁路整个公司今后的发展。然而由日本政府承担过高的整备新干线的建设费用，又违反了国铁民营化的改革方针，甚至可能导致第二个国有铁路，因此日本铁路各公司必须承担一定比例的整备新干线的建设费用。
1989年1月，日本政府正式确定了整备新干线建设费用分摊办法，即全部建设费用应由原日本国铁分割后的公司及国家和地方共同负担。关于日本铁路公司负担的比例，是在不影响原日本国铁分割后各公司经营状况的前提下，考虑到民营后日本铁路的性质、国家给予铁路支持等因素，确定为日本铁路公司负担50％的整备新干线建设费用，其中由经营已建成的新干线的日本铁路各公司共同负担30％，另外20％则由经营整备新干线的日本铁路公司在新干线运营以后以偿还租赁费的方式承担。
国家和地方共同负担整备新干线其余50％的部分，又根据工程建设项目具体分为两种情况：一是在以线路为主的整备新干线建设项目中，由国家承担其中40％的建设费
