但是，在目前条件下，收费公路仍然是发展公路运输的重要途径。根据经济学对垄断定价的分析，垄断价格水平高于竞争状态下的均衡价格，生产数量小于对社会有效率的产量，导致资源配置无效率。因而，对垄断性的收费公路还要进行价格管制，使收费公路既要体现经济利益主体实现利润最大化的要求，又要保护消费者利益，实现资源的最有效配置和社会效益最大化。这是对收费公路价格进行政府管制的理论依据。
《公路法》第63条规定： 收费公路车辆通行费的收费标准，由公路收费单位提出方案，报省、自治区、直辖市人民政府交通主管部门会同同级价格主管部门审查批准”，这是收费公路价格管理的法律依据。
自然垄断行业的特点使产品定价存在两难选择。对于一般竞争企业来说，一方面，为了维持企业持续经营，产品价格不应低于平均成本；另一方面，根据经济学的基本原理，只有当价格等于边际成本时，社会总福利才会达到最大。由于一般竞争企业的边际成本会高于其平均成本，上述两条定价原则可以同时满足。但是自然垄断行业的边际成本持续低于平均成本，这两条原则不可能同时满足。对自然垄断行业进行价格管制是必然的。但是，如果按边际成本定价，企业无法正常经营，政府必须给予补贴，这会产生寻租行为。如果按平均成本定价，却由于垄断成本无法准确计量，企业会虚报成本以抬高价格。自然垄断产品定价的两难选择，在经济学界产生了关于政府管制的争论。公共利益论者认为对于自然垄断行业进行政府管制有利于公共利益；而俘获论者认为政府对垄断的管制会使垄断企业反过来“俘获”管制者，反而助长了企业的垄断地位。
两害相权取其轻，我们仍然选择政府定价。
（一）政府定价应考虑的因素
收费公路定价是指制定通行费标准和收费年限，定价时考虑的基本因素是供求。从供给的方面看，收费公路按市场结构不同，有不同的定价目的。我国的收费公路按照投资模式，分为政府还贷收费公路和经营性收费公路。前者收费的目的是偿还贷款，后者收费的目的是回收投资，获取利润。但从需求的方面看，对于消费者来说，只根据收费公路提供的服务和收费标准来确定行车路线，而不关心该公路是政府还贷公路还是经营性公路，因而这两类公路在定价上应当遵循同一原则。政府在定价时既要考虑供给方的因素，也要考虑需求方的因素，在经营者利益与社会利益间寻求平衡。既能使投资者按期归还贷款或者使经营者有合理回报，又要提高道路使用效率达到资源合理配置使社会效益最大化。
对于以控制交通量为目的的收费公路，定价原则是抑制需求，因而不以投资回报为依据。我国东部地区一些公路的拥挤度已经大于1，导致公路使用效率下降，可以考虑以控制交通流量为目的提高通行费标准。
我们以政府还贷公路和经营性收费公路为例说明政府定价应当考虑的主要因素。
成本 这是收费公路定价的供给方面的因素，考虑的是投资者和经营者的经济利益。无论是政府还贷公路还是经营性公路，都要发生成本。政府还贷公路要归还建设成本中的贷款本息，经营性收费公路要收回投资并要取得合理回报。因而，成本是定价的基础。这里的成本既包括建设成本，也包括养护成本和经营成本。其中建设成本属固定成本，养护成本和经营成本属变动成本，收费收入中应当有一部分用于公路养护和公路经营管理支出。定价成本应当是社会平均成本，而不是个别成本，在定价时应当进行成本监审，合理确定成本支出项目和标准。当然，收费公路由于其地域差别，建设成本差异可能比较大，这一点在定价时也是必须考虑到的。还要注意的是政府还贷公路与经营性收费公路在成本确定上有所不同，政府还贷公路其收费收入多是免税的，且其资本金部分应从定价成本中扣除。
经济发展水平 可用人均GDP表示，这是收费公路定价的需求方面因素，考虑的是收费公路的社会效益。成本是制定收费公路收费标准的重要基础，但由于，第一，各地经济发展水平、公路建设条件、项目环境差异很大，投资结构和资金使用条件差异很大，单位公路的建造成本差异也很大；第二，地区差异使公路运输与其它运输方式的竞争程度不同，有的地区各种运输方式都很发达并存在激烈竞争，有的地方则只通公路；第三，公路规划和建设考虑的是全国路网体系，不仅考虑经济因素，还要考虑政治、社会以及军事等方面的因素；第四，最重要的是公路使用者并不关心该公路是谁投资的，投资资金从何而来，建设成本有多高，而考虑的是使用该公路会对自己带来多少收益，公路服务水平的高低以及自己可以支付多高的使用费。公路使用者的实际支付能力是价格水平高低的另一个重要决定因素。支付能力直接取决于当地经济发展水平，据统计，我国经济发达的东部地区与相对落后的西部地区人均GDP差异在10多倍，价格水平显然不能是相同的，公路通行费标准与当地人均GDP密切相关。在人均GDP相对高的地区，经济发展水平也高，对公路的需求程度也高；另一方面，人均GDP高的地区，人均收入水平也高，消费者和企业事业单位承受能力也强，可接受的收费标准也高。
以上从供求两方面说明了收费公路定价应当考虑的主要因素，若要建立政府定价的数学模型，也应当以这两个因素或其中之一为参数。此外，还有一些因素需要考虑，在定价时作修正参数。
替代因素 在公路网发达的地方，铁路、民航等其它交通工具也相应发达，收费公路与非收费公路都发达，各种运输方式间存在替代效应，价格竞争也相应激烈，收费公路定价应当参考与其它运输方式的比价关系，在服务水平、便利性、快捷性、安全性、经济性等多方面寻求平衡。
公路等级 我们在前面分析公路市场结构时已经注意到了这一点，公路通行费水平应当与公路等级相关，等级愈高，可提供的服务水平愈高，用户对通行费水平的可接受程度也愈高。当然公路等级在一定程
