比质比价法。即对不同等级质量标准的收费公路制定有差别的价格，其理论依据是级差收益理论。我国收费公路都是二级及二级以上高等级公路，还包括规定长度以上的桥梁、隧道以及城市道路。其建设投入、通过能力和效率、技术水平、路面等级、基础设施完善配套程度、管理水平等都不同，对用户带来的收益也不同，应当依据级差收益理论实行优质优价，实行差别价格。
综合定价法。即综合考虑各种因素定价。实际上收费公路价格水平是多因素决定的，定价时往往要考虑各种因素，既要考虑宏观经济因素，发挥收费公路对促进经济发展的作用，使社会效益最大化；又要考虑微观因素，刺激社会资本投入公路建设，增进使用者效益。综合运用多种定价方法，进行多因素修正，得到均衡价格。
以上每一种方法都可以建立数学模型，测算相关参数，进行量化分析。
（二）通行费计收办法
价格确定之后，收费办法就成为主要问题。从20年来的实践看，收费公路计收办法有很多。1.设站收费。这是《公路法》规定的收费方式，也是当前主要采用的收费方式。《公路法》规定：“收费公路设置车辆通行费收费站，应当报经省、自治区、直辖市人民政府审查批准”。各地在具体操作上略有不同，绝大多数省份由交通部门牵头，会同有关部门提出站点设置的意见，报省政府批准；有的省份由价格部门（发改委）牵头研究提出站点设置意见；也有个别由财政厅牵头研究的。还有的省实行联席会议集中审核制度，联席会议成员单位有省政府办公厅、发改委、财政厅、交通厅、建设厅、物价局、纠风办等部门。到2003年底，全国14.5万公里收费公路上设置4000多个收费站，年收费额约500亿元。目前，收费站点多、收费标准高、年限长、通行成本高、公路使用效率低已经成为一个社会关注的热点问题，特别是随着治理超限超载在全国的推开，清理收费站点更成为一项紧迫任务。
2.“年票制”。目前广州、上海、天津、武汉、重庆、长沙等部分大中城市对机动车辆通行费实行了“年票制”，即将车辆通行费收费方式由原“现场设站、按次征收”改为按年度（或月）一次性收取。其中：广州、武汉市“年票制”收费标准每车（小车，下同）每年980元；长沙市为840元；上海市为1800元；天津市每月每吨110元。据了解，目前北京、兰州等市也在研究“年票制”收费问题。从各地实际执行的情况看，实行“年票制”收费，对于均衡城市交通流量，提高车辆通行效率，改善投资环境，促进城市协调发展，减少收费站点，节约征管成本，改善城市环境等确实起到了一定的积极作用。但另一方面，也引发了一些新的矛盾，加重了那些较少使用收费公路的车主负担，引起这些车主的不满；本地外地车辆实行不同的收费标准和收费方式，产生了新的不平衡，增加了新的成本支出。更重要的是“年票制”尚无明确的法律依据，存在广泛推开的法律障碍。
3.联网收费和不停车收费。据不完全统计，为减少收费站点，提高车辆通行效率，目前至少在北京、上海、天津、广东、江苏、浙江、山东、湖北、山西、甘肃、贵州等省、市已在全省范围内全部或部分实现了高速公路联网收费；陕西、河南、宁夏等省、自治区也正在积极开展联网收费研究。去年，交通部又将京沈高速公路作为示范工程，推行跨省联网收费。联网收费后，除出入口外，高速公路主线上的收费站点全部取消，车辆通行效率大大提高。目前，交通部、国家发改委正在采取措施积极推广高速公路联网收费。除联网收费外，北京、湖北等省、市部分收费站点还安装了不停车收费系统，上海、江苏、宁夏等省、自治区、直辖市也正在开展不停车收费系统研究。
4.计重收费。为适应公路治理超限超载的需要，江苏、河南、四川、青海、安徽等省都开展了车辆通行费计重收费试点，即对载重货车按照实际载货重量收取车辆通行费。江苏省2003年底出台的计重收费方案要点是：将车辆通行费由按车型分类计费改为按车货总质量称重计费。对超限车辆根据超限幅度不同，确定不同的加收标准：（1）未超载或超限30%以内的车辆，按正常费率计收通行费；（2）超载30%～50%的车辆，正常质量和超限30%以内的部分按正常车辆的计重费率计收通行费，其余超过部分按基本费率的1.5倍计收；（3）超载50%-100%的车辆，正常质量和超限
