广东省与港澳的交通基础设施协调如下：
目前粤港不同交通方式之间存在多种协调渠道，但运作的方式和协调的结果并不令人满意，即协调过程中责任不明确，没有产生预期效果，究其原因主要是没有执行协调的手段。
因此，必须明确政府间协调机制建立的目标，充分发挥政府在区域交通基础设施发展上的作用，既要维护区域利益和公共利益，又不损害商业化和市场的发展。即要以整个珠江三角洲的发展为核心，充分发挥区域资源对区域发展的作用，达到区域基础设施的共享，避免开发无序与恶性竞争，维护区域的可持续发展。
在协调上，应成立珠三角交通基础设施协调机构，以及粤港澳跨境交通基础设施协调机构，并建立有利于引导区域交通基础设施协调发展的建设基金。这些机构和基金均要以粤港澳充分融合为基础，达到区域之间交通设施规划和建设一体化、经营与管理一体化，充分发挥港澳对珠江三角洲的带动作用，发挥政府、民间、财团的作用，促进珠三角经济、社会合作走向新的高度。此外，交通基础设施的管理体制和经营上也是区域协调的一个重要方面，特别是粤港之间，交通基础设施的合作可以作为两地合作体制建立的助推器。
4.2 交通方式间协调
不同类型的区域基础设施在协调机制和程序上存在很大的差别，这导致难以建设与需求特征相吻合的区域性交通设施。而且，不同的区域交通方式目前在规划、建设、投资、管理、经营上仍各自为政，且国家和地方的政府机构中，还没有哪一个为区域多方式交通设施的协调负责，这限制了区域多模式交通设施之间的联合协作，形成一体化的综合交通网络。
目前，综合交通网络的综合计划由计委制定，但综合交通规划主要限于各行业规划的综合，对不同交通基础设施从整体交通运输特征上的协调较弱，对于交通设施与区域空间发展、经济发展的协调更弱。同时，不同类型交通基础设施之间的跨方式补贴难以实现，导致目前区域交通基础设施发展上部分设施不足，难以根据地区经济发展的情况进行调节。
针对这种情况，广东省采取了通过政府下属的企业集团公司之间相互的股份渗透来达到建设和经营上的跨方式协调与投资，省交通厅投资成立的省交通建设集团和下设的省铁路集团之间的股份渗透，促进了跨方式建设、经营和多模式联运的发展，但这种模式对规划的影响仍然有限。
随着政府越来越关注行业管理和政策制定，当投资、建设和经营采取政府参股的市场化方式进行时，既可以保证对区域交通设施承担的公共利益的导向，也可以使跨行业的建设和经营成为可能。
同时该地区已经出现港口经营业主与铁路经营的联合，提高铁路集装箱运输，以及铁路与港口联合运输的现象，政府应在其中发挥更大的作用，以此促进向内陆地区的经济辐射。
在政府有倾向性的鼓励政策下，采取政府导向和市场经营结合的模式，鼓励跨交通方式的经营和多方式联运，从而实现区域交通系统一体化，并按照区域交通的特征和需求提供交通设施和服务。
4.3 交通设施建设与运营协调
目前不同交通设施的建设存在不同的投资体制，且差别较大。公路有养路费作为建设、维护的专项基金，铁路也有相对封闭的投资体系，城市交通有少量的公用事业附加、城市维护建设税，而其它交通设施的建设尚无专项基金保证。
例如，目前珠三角区域铁路由两部分组成--国铁与地方铁路，分别由广铁集团和省铁集团负责。广铁集团主要负责区域内国家铁路系统的建设、管理和经营；而省铁集团是由多方参股成立的一个股份公司，负责地方铁路、省内区域交通设施和珠江三角洲快速轨道网络的建设、管理和经营。在投资的体制上，广铁集团的投资主要来自国家，而省铁集团项目投资主要来自项目的筹资（包括地方政府、银行和集团的融资等）。两者的建设、投资和运营各成体系。
在交通设施的运营上，目前珠三角区域内的交通基础设施运营基本市场化。区域交通基础设施作为政府调节和引导区域平衡发展的重要手段，本应在市场化建设推进中保留政府对基础设施建设的强势管理，监督经营商服务提供的水平和对公共利益的保护，以避免因为市场化下的基础设施建设，受市场供求的影响大，政府缺乏引导，而导致政府协调区
