为了达到区域交通设施一体化和基础设施的共享，政府必须采取措施协调区域基础设施的建设与运营，使两者围绕一个目标进行。
- 港口实施"抓大放小"的策略。对于区域性的战略资源--区域性枢纽港口，要由省政府制定开发计划，并且由区域内的城市政府一同参与决策，在枢纽港口的利益分配上要采取地方和省收益分成，并将省内的收益投入枢纽港口的配套设施建设上。对于地方性的支线喂给港采取"放"的策略，完全由地方进行管理，并在建设和经营上采取市场化的模式。
- 在港口的建设上要与港口的市场化经营相适应。在现行港口建设管理机制下，政府要退出港口建设，使港口建设和运营完全市场化，利用市场选择实现区域性港口为区域性服务的目标，战略性港口资源的共享目标。
- 机场作为区域性的交通设施在选址规划上要由省政府负责，建设模式根据机场的服务范围采取服务区域内多城市共同投资（如拟议中的潮汕机场），经营利益分成进行。
- 铁路是珠江三角洲地区未来发挥香港和珠三角城市向外辐射的重要基础设施，一方面要发展以香港和广州为中心的区域高速客运轨道交通系统，利于香港和广州在科技、管理、信息、金融等方面向整个珠江三角洲辐射，促进大珠三角地区的协调和均衡发展。另一方面要发展与南中国广大经济腹地联系的铁路线，利用珠三角港口资源丰富，对外贸易发达的优势，发展多方式联运，摆脱目前港口货运主要集中在珠三角内部的局面（特别是集装箱），以及扩大珠三角枢纽机场等战略性资源的服务范围。发挥珠三角和香港对南中国的经济发展影响。
- 珠三角高速公路的密度已经和世界上的发达的大都市地区相差不多，消除高速公路经营和管理上的差距是未来一段时间珠三角地区公路发展的重点。高速公路的收费在初期促进了高速公路在短短的十几年就达到现在的规模，但收费站林立，高速公路建设业主分散，影响了高速公路效率的发挥，也给高速公路一体化的维护、管理带来困难。成立高速公路统一的业主管理机构，实行统一收费、统一维护、统一管理，是今后高速公路建设和经营协调的主要方面。
4.4 城市交通与区域交通设施协调
城市交通设施建设由城市政府负责，特别是客运交通设施，如轨道、公共汽车、出租等需要补贴的设施，当区域设施与城市发展目标一致时，两者之间的协调比较容易，但当两者的目标有差异时，在目前地方占有和开发资源的体制下，协调的难度就大大增加。
在规划上，城市交通网络由地方政府负责，报省政府和中央政府批准，协调主要在规划层面进行，省政府主要根据不同城市上报的规划进行协调，在规划过程中与周边城市之间的协调比较少。
目前珠三角各城市政府从其自身的资源和利益出发考虑城市的投资和协调，所有的决策、政策实施均以行政界线为界，城市交通设施的规划和建设以及管理只能从行政区的范围内考虑，不能充分考虑区域城市化和城市连绵发展的现实，城市交通基础设施规划、建设、管理和经营的合理化只能靠行政区划的调整实现，缺乏城市间协调的手段。
而且，不同城市间城市交通设施建设难以考虑实际的经济联系，供给与需求脱节严重，没有相应的协调机制保障。主要表现为：城市交通设施经营管理的市场化程度低，协调中市场的作用难以发挥；城市之间的交通政策差异大，交通设施和经营上的衔接困难；城市交通建设中，交通系统封闭，不能从区域发展上考虑交通设施的建设。
要形成交通一体化的都市区，首先必须有交通政策的一体化。目前城市已连绵发展，再单独考虑一个城市的车辆管理、交通政策等来规划和建设城市的交通设施已经越来越不现实，必须首先从区域的角度考虑城市干线网络的规划，综合协调区域内城市交通的定价，才能反映城市交通的实际情况。
