为了实现江泽民总书记确定的“努力把重庆建设成为长江上游的经济中心”的战略目标，适应西部大开发和加快城市化进程的需要，满足社会、经济发展和市民出行的需求，根据重庆主城区两江环抱、山高坡陡、道路曲折的特殊地理环境，多中心组团式城市结构特点，重庆市要逐步建成城市快速轨道交通系统网络，形成以快速轨道交通为骨干的现代化都市客运交通体系，为2616平方公里主城区的建设和发展创造条件，为城市经济总量增长提供新的空间。
轨道交通发展规划的总目标是——用20年时间，建设300公里轨道交通线路，形成覆盖中心城区衔接主城区各外围组团的快速轨道交通网络，规划建设好60个交通枢纽，带动周边区域开发建设，为600万以上城市人口提供方便快捷舒适的服务，推动城市化进程。
总体布局为——六线一环。以渝中半岛为中心，沿城市发展轴向六方辐射（北部新区、江南经开区、西南工业区、西北科教文化区、东部发展区、渝西经济区）。
结合重庆市第二次党代会提出的富民兴渝，建成长江上游经济中心三阶段目标，新的轨道交通规划分三步实施：
（1）第一步：2005年，完成骨干线路重大项目前期准备，为构建中心城区轨道交通主骨架打好基础。
2005年，轻轨较新线（18公里）全线通车，新开工轨道交通线路2条。轻轨三号线二塘——龙头寺项目，地铁一号线朝天门——沙坪坝项目。
（2）第二步：2010年，建成中心城区轨道交通骨干线三条，形成经济中心城市大运量轨道交通基本框架。
建成运营一、二、三号线工程，新开工地铁四号线石桥铺——长生项目等。
（3）第三步：2020年前后，六条骨干线全部建成，新开工各延伸线，进一步强化经济中心城市对周边城市的聚集、辐射作用。
远景：2020年前后，轨道交通城际客运线向万州、渝西、涪陵区域延伸发展。
（4）十年发展计划：以上到2010年运营和建设的4条线总长96公里，工程建设总投资403亿元。建成投运后，可形成中心城区大字型轨道交通主骨架，衔接全部对外机场、港口、火车站、东西南北方向长途客车站、市内大型文体设施，日运量可达百万人次以上，市民生活与出行质量以及城市交通环境和城市形象将得到极大的改善，并将带动沿线房地产、建筑业及其它产业的发展，为城市社会发展和经济增长作出新贡献。
