到了清朝取代明郑治理台湾，可说是台湾交通发展的重要时机。清初由于对明郑的顾忌而采取锁国政策，但台湾西部各港口，北自鸡笼八尺门(基隆港)，南迄琅乔后湾仔(今恒春南湾)以及东部的蛤仔难(宜兰)及钓鱼台(台东)等较大的港口，都有潜渡流民的足迹。而朱一贵事平之后，偷渡风更盛，于是乃有开台解禁之议。自此，汉人又可自由的进出台湾，而清朝也因台湾的位置险要而加强开发台湾。有清一朝，对台的交通建树如下：
（1）、公路方面：
清朝对于公路的建树主要仍为开山抚番所作。分北中南三路进行：
（a）南路：一由凤山县赤山庄(港东上里)到后山卑南(南乡)；另一由凤山县射寮达卑南。
（b）北路：由葛玛兰厅苏澳到后山奇莱、花莲港。
（c）中路：一由彰化县林圮埔(沙连堡)达后山璞石阁(奉乡)；另一由集集街到牛辒辘(沙连堡)，旁开分道。
此三路的开通代表了中央山脉横贯公路开通之始，也加强了东西的联络，这样的抚番开道前后约七次，对于番地的开通，东西、平地人及原住民的文化交流有相当大的功劳，亦使得清朝更完整的统治台湾。
至此，自有先民以来，随着开发所形成的道路约计有六条：西部南北干道、罗汉门道路、埔里社南北口道路、恒春卑南觅道、台北府至葛玛兰道路、开山抚番南北道。但，这六条道路每一条都属于季节性的道路，一到雨季仍有不良于行的困扰。而且并非每一条道路都是相通的，且路面状况也很差。因为清朝在治理台湾的初期曾遭受到朱一贵等人的反抗，若让每一条道路都不相通，则反抗的事件就会是局部化而好处理，所以即使禁令已开，对台的交通建设，仍有所顾忌。
这些原因使得此时的陆上交通仍不若水运来的经济，坐牛车由彰化到台北约需十天，水运由鹿港到淡水则只须二天，且牛车所能承受的负重又小于水运，运费也较高，而各地所需的物资又都来自大陆沿海各省，故此时台湾内陆陆运不如沿岸水运，沿岸水运又不如与大陆的水运。也由于学者对于此时公路的认定上意见相左，无怪乎美国戴文生(J.W.Davidson)于1903年说：在1895年日军攻打台湾时，交通设施(指陆上交通而言)非常的缺乏，南部只有一些大路可以通牛车以运糖，但此难以称为道路，其它地方除少数地方例外，可说是完全无公路的存在，田间小路仅容牛车及步行。
（2）、铁路方面：
台湾修筑铁路主要源于丁日昌治台时期，丁日昌以台湾关系东南亚海防，为道路辽远，口岸众多，非办铁路电线不足通血脉而治要害，请奏朝廷批准，但日后建造之时，却为人民以破坏庐墓风水而停止。
光绪十二年，刘铭传任台湾巡抚，再奏朝廷修筑铁路，并陈铁路之优点
如下：有利于招商、调军队较易、可致商业兴盛(可视为交通刺激商业的先驱)等。殆朝廷批准后完成 基隆到台北段，并于光绪十七年完成台北至新竹段铁路，并续计开通新竹至台南之铁道，以速全台之交通，却在此时，发现新竹以降至台中一段有山、溪的阻碍，难以规划建造，故有清一朝对于台湾铁路的建设仅只于基隆至新竹段。
（3）、海运方面：
台湾与我国大陆仅一峡之隔，自古以来便有海上交通的往来，清初台湾靖定，海禁开放后，施琅为杜绝海外奸商，奉准台湾设立海防特制，于台厦两地置海防同知，限制出入。光绪十二年，台湾分省，刘铭传治台，极力振兴殖产，招徕商工，并谋内外之交通，由新加坡购得驾时及斯美两汽船，以台湾为起点，经由厦门、福建或上海、香港等地，航行于新加坡、柴根、吕宋等地。同时亦有许多的官船行驶于台湾各港之间，因此台湾对外的航运益称便利，且因汽船载量大、速率高，已使得对外交通缩短，而渡海安全也获得保障，不如往日的艰辛，疑与清朝积极致力于台湾海防及位置重要性有相当大的关系。
而刘铭传为了自英人手中夺回茶叶及蔗糖的海运权，同时便于北部煤矿的开采及运输，亦加强港口及铁路的连接。
而另一个影响台湾海外贸易最大的原因是：天津条约中的开港条件。咸丰九年至十年之间，英法因换约问题再提出台湾的
