交通中心位于浦东机场第一和第二航站楼之间，建筑面积约17万平方米，“三纵三横”的布局巧妙地将距离较远的两座航站楼“打通”。为了让到达旅客真正享受“零换乘”，设计人员特意将它建在了6米层高的到达层，而非0米层，有效解决了大型机场旅客陆、空交通换乘难题。据悉，这是“一体化交通中心”在国内机场的首次应用，并被国家科技部列为示范工程。
除了人性化的设计，科研人员积极创新，将“节能环保”的理念融入浦东机场二期工程的各个细节———第二航站楼顶的“龙眼”天窗、二号能源中心的 水蓄冷空调，与自然通风、雨水回用等节能技术相叠加，全年可实现节能50.8%，节电1.3亿度；从第二航站楼内向外远眺，视野无限开阔，原来，与第一航站楼相比，支撑第二航站楼两翼的支柱间隔从9米拉大到18米，由此省下了12%的钢材，大大降低了工程造价；通过对二期航站区站坪的数值模拟研究，科研人员找到了机位设计的最优组合，为规划节约用地约8.55万平方米，增加18个远近机位，预计每年可为机场带来经济效益2000万元；而“剪刀叉”式的登机桥设计，使42个近机位中的26个“身兼两职”，可在国际、国内航班间互换。
据统计，浦东机场二期工程累计投入科研经费1000多万元，申请专利9项，共为工程节省投资6.31亿元，预计每年可为机场节省运营费用3575万元。
