地铁建成后，为市民提供方便快捷的交通，但一半地铁站点内部和出站口没有公厕。地铁运营部门人士介绍，一直以来，由于地下公厕的通风、排污、安全等原因，地铁站内建不建公厕争议较大，广州、香港地铁站内都没有公厕，而上海地铁站也是后来才增加了投币公厕。南京地铁部门综合多方意见，在确保安全、舒适的情况下，最终决定为旅客提供“方便”之处。目前，地铁一号线有8个站点设置了公厕，占所有16个站点中的一半。
最近，地铁运营部门和市市容局双方实地查看，已初步确定将在6个地铁站出站口建公厕，并纳入明年全市的公厕建设改造规划中。这6个地铁站分别是迈皋桥站、红山动物园站、玄武门站、鼓楼站、三山街站和小行站。根据方案，这些公厕都是一类公厕，由一级资质的设计公司设计。公厕不仅要与周围环境协调，还要成为建筑小品装点周边景观。
