管理机构
日本道路运输最高管理机构是国土、建设与运输省（MLIT）。MLIT的国土局负责土地的规划与使用及公共管理，建设局负责日本公路的规划、建设与养护管理，运输局负责全国陆、海、空运输业务的管理，统一领导城乡交通建设事业，并负责运输政策及法规的制定、监督执行以及交通设施的规划和建设、资金的筹措、分配和使用管理。
国土局与运输局关系密切，建设局与运输局在公路规划、建设、维护方面有紧密的横向合作关系，如公路的整体规划和实施需运输局同意，收费公路的收费标准及期限也需运输局同意等。
MLIT与私人业主之间的关系是公私合伙关系，这种关系很大程度体现了市场发展的程度与市场行为的基础。MLIT与地方政府计划、指导是执行、分权的关系，是垂直领导关系，这种关系要求地方的一般问题由地方处理。
日本公路运输局是日本道路运输主管机构，公路运输局服从国土、建设与运输省的垂直领导。其健全、合理的管理机构为其正确实施管理职能提供可靠的保证。
宏观管理职能
日本交通运输市场比较成熟，运输生产要素的合理有效配置主要依靠市场调节而不是行政干预。交通运输行政主管部门的宏观职能主要是运输战略规划，优化运输市场环境。
（一）日本国土、建设与运输省的使命：
第一、为国民创造一个愉快和谐的生活环境，包括减少灾难、确保交通安全、维持海岸秩序安全、保护环境及促进可持续发展。
第二、科学、充分利用资源，加快建设，提高国家全球化竞争力。
第三、不断提高地区间配送的速度，促进国民经济发展。
（二）公路运输局的战略目标：
第一、建立一个安全、环保、充满活力的公路交通系统，促进公共交通的发展，鼓励地区交通业的自由竟争，充分利用IT技术加快公共交通管理系统的发展，实现物流行业的“3E”，即高效（EFFICIENCY）、环保（ENVIRONENT）、电子化（ELECTRONICS）。
第二、保护环境，鼓励使用高效、低排放的机动车辆，加强排放的管理与监督，大力开展废旧汽车回收等。
第三、加强交通安全管理，改进安全报警装置，降低事故发生率。
日本的交通运输行政管理机构不断改革，国土、建设与运输省的建立使内陆、海岸、航空运输紧密联系在一起，道路运输枢纽成为其它运输方式的集散中心，道路运输与铁路的联运也消除了运输瓶颈。
道路运输行业管理
日本以《自动车六法》对汽车运输业进行规范。日本道路货物运输市场准入条件的规定如下：（1）、经营场所要有明确的地点；（2）、要求每个经营企业至少拥有5辆以上的汽车；（3）、车库原则上应设立在经营场所或在其2公里范围内，车库里车辆间隔在50厘米以上；（4）、休息场所原则上应设立在经营场所或者车库所在地，休息场所面积不小于9.9平方米；（5）、运营管理机构，一般要求每30辆车配备一名管理人员，管理者须具备职业资格以及相应的能力；（6）、资金方面要求业主自有资金占50%以上；（7）、保险方面要求每个经营者在开业后一年内签订汽车运输赔偿责任保险和意外保险，并投保5000万日元以上的责任险。
申请从事货运经营者只要达到规定的开业条件，运输局就批准。货运价格由企业定价，并向运输局报备，而实际货运价格由运输经营者和货主自行协商。
日本道路旅客运输市场准入条件也有明确具体的规定。如：（1）经营者无犯罪记录；（2）有固定的经营场所，车辆额定载客人数在11人以上；（3）至少拥有客车6辆（其中常用5辆，备用1辆）；（4）有适宜的停车场所，车库里车辆间隔50厘米以上；（5）休息场所原则上应设立在经营场所或者车库内；（6）配备具有职业资格的运行管理者和设备管理者；（7）驾驶员须符合驾驶条件，有大型乙种以上驾驶执照，并在规定的劳动时间内工作；（8）除自有资金外，还拥有能保证企业在2个月内正常运营的基本资金；（9）了解并遵守运输法规，签订旅客意外伤害保险和任意险，给每位旅客投3000万日元的保险。
长途客运线路、班次由企业申请，运输局批准。客运价格则由运输局制定，企业不得随意调整。对驾驶员培训的准入条件也有严格的规定，获准开业的日本驾校都必须拥有设施完善的驾驶训练场地。教练场地的车道划分、交通管制设施与城市交通实际情况相同，要求教练车的车容及车内的辅助教练装置完好，数量能满足教练的需要。
日本于2002年2月1日修订后的《道路运输法》规定，不再对每条客运线路发放执照，而改为对每家企业发放许可证，班次和发车时间不再审批，由企业运输支局备案。并决定于2003年4月1日起取消对运输营业区域的限制。
日本运输局对运输经营者经营行为的监督主要以“户检户查”为主，由运输局支局对其辖区内的运输经营者进行循环检查。一般情况下，一个检察官负责监督一个辖区，如发现违规违法经营行为，立即下达限期整改的通知。
在公路上出现的违规违法经营行为由警察负责监管。如发现有违反运输规定的行为，由警察通知运输局或所属机构，由运输局或其它职权部门对违规者及其所属公司进行调查处理，但运输局没有罚款的权力，也没有在公路上检查车辆的权力。
对于违法违章的公司，每违法违章一次便记录一定的点数，累计到80点及以上时，则吊销其经营许可证，永久不得经营公路运输。
日本道路运输行政管理服务非常重视发挥运输协会的作用。全日本卡车协会作为社团组织，积极开展推动交通安全与环保、指导经营者规范经营、提高运输效率、组织企业管理人员培训考试、为车主和货主双方提供信息、为长途司机与乘客提供服务等活动。
