日本是当今世界拥有最先进综合交通系统的国家之一，该国的道路网已超过了100万公里，在1.2万公里的高等级干线公路中绝大多数是收费公路，另外还有超过700公里的城市收费快速路，公路系统承担了大约66％的旅客运输和53％的陆路货物运输。
公团化管理开始改变
日本现代收费公路的发展开始于上个世纪50年代。1952年，日本政府颁布了《公路建设特别措施法》，允许利用财政资金和贷款修建道路，然后通过收费收入偿还贷款。
收费公路发展初期，日本政府机构直接承担收费公路的建设任务，但由于项目的建设缺少整体规划和配合，收费公路的发展一度十分混乱。在日本道路委员会的建议下，1956年4月，国有日本道路公团正式成立，全面负责收费公路发展计划的实施，原由交通省和各地政府管理的收费公路项目也同时移交给其管理。随着城市化进程的加快和交通需求的迅速增长，日本政府又成立了一些公团来承担城市快速路的建设，例如在1959年设立的首都高速道路公团、1962年设立的阪神高速道路公团等。此后，各公团分工明确，日本道路公团主要负责建设和管理国家高速公路，首都高速道路公团和阪神高速道路公团则主要负责位于东京和大阪大都会以及周边地区的城市高速公路。另外，各地还设立了一些地方公团，专门负责地方道路的建设和管理。
由日本道路公团来建设和管理收费公路，一直以来争议较多。支持者认为，国有道路公团能比私人投资者更有效地实现政府设定的目标。因为建设收费公路需要大量财政补贴，政府对其必然要加强控制，而且没有政府的实质性支持，私人投资者也无法合理预期与高速公路发展相关的长期投资风险等。
道路公团的管理也存在漏洞：首先，它缺少足够的激励机制来降低造价或减少收费费率，与私人投资者相比效率较低。其次，由于政府的严格控制，道路公团对市场变化关注不足，尤其应对因时间和区域不同而引发的市场条件变化时效率较低。再次，还存在由于某些政治原因导致项目的发展规模不切实际等问题。
虽然日本政府采取了一些积极的措施，却难以从根本上克服道路公团管理模式的缺陷。2005年10月，日本政府对原有4大道路公团进行民营化改革，成立了6家负责道路建设和管理的公司以及1家道路保有及债务偿还的机构。6家新公司是在原有道路公团拆分重组的基础上建立起来的，其最高负责人全部为民间人士。道路保有及债务偿还机构将承接原有4个道路公团总计40万亿日元的债务，并计划在45年内用道路租赁费偿还道路建设资金，最终实现免费开放高速公路的目标。
交叉补贴平衡收费费率
日本收费公路在发展初期，每条道路的收费费率均按照偿还道路造价的原则单独制定。1972年，日本开始对国家高速公路系统的收费收入进行交叉补贴，各城市高速公路在所在地区的范围内独立进行交叉补贴。
交叉补贴是指不考虑单独路段的造价和交通量大小，而是根据整个路网的融资能力确定所有收费道路均应采用的收费标准。采用该方式的合理性在于：通过交叉补贴方式，可以用收益较好路段的收入补贴收益较差的路段，以便扩大路网规模。如果路网能够建设完并形成一个整体，已有的收费公路也将从中受益，能获得更多利润。
随着相邻路段的开通，某些路段的融资能力将发生变化。如果相邻线路的收费费率水平不同或免费和收费的路段混合存在，就容易使消费者产生混乱甚至被消费者拒绝。
当然,交叉补贴方式也存在弊端，它破坏了潜在的经济规则，过分放大了融资的风险。在日本，单独规划且不构成国家道路网的收费公路多采用一路一贷的方式，由于这些道路的用地和建设造价不同，就会导致通行费率的标准有相当大的差异。
建设资金主要源于政府投资及贷款
日本道路公团建设收费公路的资金主要来源于政府财政投资和贷款，这种方式在当今世界是独一无二的。
日本政府还向日本道路公团提供补贴。由于利息必须以收费收入偿还，而补贴则不需要偿还，因而政府会灵活地改变这两种资金来源的比例。当利率升高时，政府就增加补贴；当利率降低时，政府就在两者间进行平衡，从而使道路公团所负担的利息始终能保持在一个较合理的水平上。
同时，在日本高速公路融资发展的初期，世界银行也为日本沿太平洋海岸工业人口稠密地区的高速公路建设提供了大量贷款。
还款后是否免费通行存在争议
日本有关收费公路的立法明确规定了偿还原则，并把它作为确定收费费率的主要考虑因素。偿还原则是一种造价完全补偿政策，要求用户承担高速公路的全部费用，包括建设费用、取得公路用地的费用、运营和养护以及融资的费用等，从而使收费公路发展对政府财政的依赖程度最小化。
日本的大多数收费道路能在收费期内偿还全部建设费用，然而对于盈利能力较弱的路线来说，则很难做到。目前，日本要求收费公路在偿还全部建设费用后转变为免费公路，对是否应这样做日本各界一直存有较大的争议。主张收费到期后继续收费的主要基于以下原因：养护和运营费用需求是持续的，未来仍有加宽道路和改善环境的需求，从整个路网系统的服务需求来看，利用收费政策可以保持其高速畅通。为了最有效的使用有限的公路资源，收费可以实现调节交通流量，起到类似拥挤收费的作用。
为支持高造价或新旅游线路的修建，提高已有收费公路收费费率的方式，受到社会公众越来越强烈的反对。为此，日本政府不得不延长国家高速公路网的偿还期，以减少收费费率的增长。偿还期从早期的25年到30年，逐步延长到了40年。
