北铁工程是在菲律宾国家铁路公司已瘫痪的铁路的基础上修建。多年的闲置，使铁轨两旁早就成为非法占地者生养栖息的地方。
安置这些政府本不应当负担的人成了除所谓的北铁工程合同法律问题之外菲政府面临的最难解决的问题。
此外资金短缺、腐败、效率不高也是原因之一。
安置受影响的约4万户家庭对政府来说至少需要66亿比索(约9.4亿元人民币)，但菲政府至今只拨出10亿比索(1.4亿元人民币)。菲国家住房署还被指高价出售建筑材料和与安置点地主和开发商签订秘密协议。
中国为何卖给菲律宾柴油火车
北铁公司副董事长朱基塔说，北铁将使用全新的柴油动力火车。用窄轨是因为政府没有足够的资金把窄轨改换为宽轨。
但菲律宾媒体质疑说，柴油动力火车并不是什么值得高兴的东西，因为大马尼拉地区的轻轨都已使用电力动力火车。
菲媒体还报道称，中国已向欧洲预订了价值10亿欧元的电力动力火车，从2007年开始改善中国的铁路服务。这是否意味着中国在更新自己的铁路系统的同时，却把柴油动力火车倾销到菲律宾来呢
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