市快速公交系统建设指挥部办公室表示，为了让安全隐患在设计阶段就彻底排除，BRT项目将在高架桥的设计、建设和营运三大环节确保安全。
在设计方面，高架桥防撞栏杆等主要安全装置均按照设计国家最高标准，即铁路桥梁标准进行设计，防撞护栏高度1.2米高于BRT车辆满载时车辆重心。
在建设时，BRT高架桥通过加宽桥面宽度、设置紧急停车道和车站安全门等加强安全性。
据了解，BRT高架桥的宽度为10米，规范规定的两车道宽8米，桥面设计宽度大大超过两车道规范要求，这为BRT车辆提供足够的行驶空间。高架桥上还设置有紧急停车区，目前设置了停车区的车站有白鹭洲站、明发站、农科所枢纽站和穆厝站，间距约为2～3公里。
目前BRT的第一码头枢纽站、农科所枢纽站和前埔枢纽站均规划和建设有拖车和BRT车的停放位置，若车辆在线路上发生故障，可以通过最近的拖车将车辆拖离故障路段，并及时进行维修。发生故障后，控制中心还通知最近的场站发车前往故障点，让乘客下车换乘，继续前往目的地。
BRT的运营与轻轨类似，将在站台边缘设置安全门，当车辆靠站停稳后安全门才开启。车辆到站时，驾驶员控制车辆与站台的水平距离在10公分左右，防止乘客踏空。
